Lonkkanivelen kasvuhäiriö - hip dysplasia on koirien yleisin luuston ja nivelten kasvuhäiriö, joka johtaa lähes aina nivelrikkomuutoksiin. Lonkkia arvioidaan röntgenkuvauksin asteikolla A-E, josta A ja B edustavat terveitä tai lähes normaaleita lonkkia, C lieviä muutoksia ja D sekä E kohtalaista tai vaikeaa kasvuhäiriötä. D ja E lonkkaisia koiria ei suositella käytettävän jalostukseen ja C lonkkaisiakin vain yhdistettynä terveeseen koiraan. Pieniamerikanpaimenkoirat kuuluvat PEVISAAN lonkkien osalta.
Muita tarkkailtavia luuston kasvuhäiriöitä ovat kyynärnivelen kasvuhäiriöt, polvilumpioluksaatio sekä perinnölliset selkämuutokset. Näiden, kuten lonkkaviankin esiintyvyyteen voidaan vaikuttaa hyvällä kasvatustyöllä ja jalostuskoirien tutkimisella ennen käyttöä.
Pieniamerikanpaimenkoirat kuuluvat PEVISAAN silmien osalta, eli jalostuskoirat tulee silmäpeilata ennen jalostuskäyttöä. Silmäpeilaustulos on tällä hetkellä voimassa 12 kk. Rodulle on olemassa myös geenitestejä erilaisiin perinnöllisiin silmäsairauksiin. Pieniamerikanpaimenkoirat ry pohjaa suosituksensa Suomen Kennelliiton ja European College of Veterinary Opthalmologists (ECVO) välittämään tutkimustietoon. Jalostusvalinnoilla pyritään estämään ja vähentämään vakavien silmäsairauksien ilmenemistä.
Kennelliiton sivuilta löydä lisätietoa perinnöllisistä silmäsairauksista. Pieniamerikanpaimenkoirilla Suomessa todettuja sairauksia ovat: distichiasis (ylimääräiset ripset), iriksen kehityshäiriöt, näköhermopään kehityshäiriöt, puutteelliset kyynelkanavan aukot ja PPM-rihmat.